"Seeshaupt findet bereits im Jahre 740 n. Chr. seine erste urkundliche Erwähnung". So oder ähnlich steht es in allen  Veröffentlichungen, die sich auf die Geschichte unseres Ortes beziehen. Man beruft sich dabei auf eine Mitteilung des Mönches Gotschalk von Benediktbeuern, in der die Grenzen des Klosterbesitzes beschrieben werden. Gotschalks Darstellung aus der Mitte des 11. Jhd. kann jedoch nicht durchwegs als objektiv gelten, denn eine schriftliche Urkunde aus der Frühzeit gibt es nicht. Und hier gehen die Meinungen weit auseinander. Sprechen die einen vom "größten Fälscher aller Zeiten", meinen die anderen, dass man seine Darstellungen nicht als reine Erfindung abtun kann, da er sich auf mehrere ältere Quellen stützen konnte. So ist es wahrscheinlich, dass unser liebenswerter Ort zwischen Starnberger See und Osterseen bei seiner ersten Erwähnung nicht nur in deutscher Sprache "Seshoibit" als Grenzgebiet, sondern auch lateinisch als "Sumilaga", als Dorf mit sechs Hüben (das sind mittlere Bauernhöfe), genannt wurde.

in den folgenden Jahrhunderten verlief die Geschichte unserer Heimatgemeinde so wie in den anderen Orten um den See. Von großen geschichtlichen Ereignissen wurden die Seeshaupter nur indirekt betroffen. Bis zur Säkularisation im Jahre 1803 waren sie mit ganz wenigen Ausnahmen Abhängige der umgebenden Klöster Polling, Bernried, Benediktbeuern, Beuerberg und Habach, die sich die Ortsflur teilten.

Seeshaupt war von 1353 bis 1479 Filiale des Klosters Polling, nach einem Tausch kam es zu Bernried. Erst 1481 wurde Seeshaupt eine eigene Pfarrei. Sechs Jahre später baute man die Kirche an die kleine St. Annakapelle an und weihte sie dem St. Michael. Selbständige Pfarrei wurde Seeshaupt erst im Zuge der Säkularisation im Jahre 1803. Zusammen mit Magnetsried, Jenhausen und St. Heinrich zählte die Seeshaupter Pfarrgemeinde damals 556 Seelen. 1808 stand schon der neue Pfarrhof, der auch ein Schulzimmer beherbergte und neben der Kirche das einzige ganz aus Stein gebaute Haus war.

Im März 1815 brach im Gasthaus "Zur Post" beim Schmalzkücherlbacken ein Brand aus, der in nur wenigen Stunden 2/3 der Anwesen in Schutt und Asche legte.

Sogar der Kirchturm brannte und die Glocken schmolzen. Nur der neue Pfarrhof und einige Häuser am See blieben verschont. Bis zum Winter hatten alle Leute dank vielseitiger Hilfe wieder ein Dach über dem Kopf. Der Ort hatte jedoch sein Gesicht verändert: Eine breite "Vinzialstraße" war als Hauptstraße angelegt und die "Misthaufen" hinter die Anwesen verlegt worden. Wegen dieser Modernisierung wurde Seeshaupt 1822 als schönste Dorfgemeinde prämiert. Der abgebrannte Kirchturm wurde wieder aufgebaut - statt des Zwiebelturms wurde ein Spitzturm aufgesetzt.

1857 bekam Seeshaupt einen königlichen Poststall und eine Postexpedition - damit begann der Aufstieg des Gasthauses und späteren Hotels "Post". Hier hat König Ludwig II - wie des öfteren - auch am Tag vor seinem Tode die Pferde gewechselt.

1850 begann für Seeshaupt das Dampfschiffahrtszeitalter mit der "Maximilian", die damals die günstigste Verkehrsverbindung an das Ostufer darstellte. Und im Jahr 1865 wurde Seeshaupt Bahnstation an der Bahnlinie Tutzing - Penzberg. 1905 bezogen die Kinder ihr neues Schulhaus, das bis heute als Schule dient. Das alte sogenannte "Lehrerwohnhaus" von 1858 war zu klein geworden. Überhaupt stieg die Seeshaupter Bevölkerung in dieser Zeit stark an: Der Friedhof an der Pfarrkirche wurde zu klein - er wurde an seinen heutigen Standort in die Nähe des Bahnhofes verlegt. Auch die Pfarrkirche mußte erweitert werden -der Um- und Erweiterungsbau im Jahr 1909 verlieh der St. Michaelskirche ihr heutiges Aussehen. Erst jetzt bekam sie wieder einen Zwiebelturm.

Wegen des Bombardements von Trafostationen entlang der Bahnstrecke blieb in der Nacht des 30. Aprils 1945 ein Güterzug mit 2.000 KZ-Häftlingen aus Dachau in Seeshaupt stehen. Die Amerikaner befreiten die geschundenen KZ-Opfer aus den Zügen. Von jedem Haus musste ein Familienangehöriger zum Bahnhof gehen und sich mit eigenen Augen ein Bild von den Greueln des Naziregimes machen. Als Vergeltung für vier bei einem Scharmützel an der Landkreisgrenze in der Nähe des Lido gefallene Amerikaner gaben diese den KZ-Häftlingen vier Tage Plünderungsfreiheit, Tage, an die sich die Seeshaupter mit Schrecken erinnern. 50 Jahre später, am 30. April 1995 wurde ein Mahnmal, geschaffen von dem Bildhauer Jörg Kicherer, feierlich eingeweiht. Bei der alljährlichen Gedenkfeier am 30 April waren schon viele Prominente z.B. Dr. Hans Jochen Vogel, Heiner Geißler, Renate Schmidt, Timo Spengler... Gastredner.

Ein Zeugnis aus längst vergangenen Tagen ist die "Seegerichtssäule", die heute am Seeshaupter Dampfersteg steht. Die inzwischen stark verwitterte Säule trägt die Inschrift S-G, die Jahreszahl 1522 und den schräg gestellten Fisch, der im Seeshaupter Wappen dargestellt ist. Die Steinsäule war wohl eine Grenzmarkierung zwischen dem Landgericht Weilheim und dem Seegericht Starnberg.