Der Gemeinderat hat folgende Ausschüsse gebildet: Finanzausschuss mit sieben Ausschusssitzen, Bauausschuss mit sieben Ausschusssitzen, Planungsausschuss mit sieben Ausschusssitzen und den Rechnungsprüfungsausschuss mit sechs Ausschusssitzen. Ausschüsse stellen das verkleinerte Spiegelbild des Gemeinderates dar. Die Ausschüsse werden nach dem St.-Lague-Schepers-Verfahren besetzt.

Den Vorsitz in den Ausschüssen für der Erste Bürgermeister, nur den Vorsitz im Rechnungsprüfungsausschuss führt das Gemeinderatsmitglied Georg Leininger. Der Erste Bürgermeister ist Kraft Gesetzes nicht Mitglied im Rechnungsprüfungsausschuss.

Die Gemeinde Seeshaupt hat neben dem Ersten Bürgermeister vier weitere Mitglieder in der Gemeinschaftsversammlung der Verwaltungsgemeinschaft Seeshaupt. Die Gemeinschaftsversammlung ist für grundsätzliche Angelegenheiten in der Verwaltungsgemeinschaft Seeshaupt wie den Erlass der Haushaltssatzung sowie die Einstellung von Personal zuständig.