Von der Gründung bis zur Säkularisation
Der Name „Seshoibit“ stand bereits zur Gründungszeit des Klosters Benediktbeuern 740 in dessen Besitzurkunden, allerdings nur als Flurname, der die geographische Lage am „Haupt des Sees“ bezeichnete.
Den ersten bekannten Nachweis für das Dorf findet man in einer Schenkungsurkunde aus dem Kloster Schäftlarn. Sie wurde „am zweiten Tag nach der Oktav der Heiligen Agnes 1257 in Villa Seshoupten“ ausgefertigt. Der malerisch am See gelegene Weiler Seeseiten ist bereits 1090 im Benediktbeurer Kodex beschrieben. Die damals zehn Anwesen unterstanden Adalbero von Sesitten.
Eins der ältesten Zeugnisse aus Seeshaupts Geschichte steht am Dampfersteg, die "Seegerichtssäule" mit der Jahreszahl 1522 und dem schräg gestellten Fisch. Diese Darstellung ist das Vorbild für das heutige Gemeindewappen. Die Steinsäule könnte einst ein Grenzstein zwischen den Zuständigkeiten des Seegerichts Starnberg und des Landgerichts Weilheim gewesen sein, es gibt aber bislang keine Urkunde, die diese Vermutung bestätigt.
Seeshaupt war bis zum Ende des 19. Jahrhunderts ein armes Fischer- und Bauerndorf. Lediglich der Wirt (heute Seeresidenz Alte Post), die Mühle (Hotel The Starnbergsee) und der Fischhändler Doll verfügten über ausgedehntere Besitztümer. Alle anderen größeren Bauernanwesen lagen damals in den umliegenden Weilern und in der 1978 eingemeindeten Gemeinde Magnetsried-Jenhausen.
Die Ursprünge der Pfarrkirche liegen im Dunkeln. Der älteste Teil der heutigen St. Michaelskirche ist die Anna-Seitenkapelle, sie stammt aus dem frühen Mittelalter. Zwischen 1485 und 1487 wurde die Pfarrkirche im gotischen Stil angebaut. Ihre jetzige Gestalt erhielt sie im Jahr 1909 mit dem Anbau des großen Langhauses.
Bis zum Jahr 1353 gehörte Seeshaupt zur Pfarrei Etting bei Weilheim, anschließend zum Kloster Polling und von 1479 an zum Augustinerchorherrenstift Bernried. 1803 wurde Seeshaupt im Zuge der Säkularisation eine selbständige Pfarrei mit insgesamt 556 Seelen, zu der nun auch Magnetsried, Jenhausen und St. Heinrich zählten. Der Seeshaupter Pfarrhof entstand 1808, im Erdgeschoss gab es ein Schulzimmer. Erst 1858 wurde ein eigenes Schulhaus gebaut.